萌菌物语第二季7月再开！拥有用肉眼看见菌能力的少年泽木直保和青梅竹马结城萤进入农业大学所发生一连串的趣事，透过直保和其他人物的互动可以了解许多跟菌相关的知识，也因为直保的特殊能力而招惹许多事情，这次的动画中完全再现了原作里登场的100种以上细菌，一气呵成的热闹的细菌军团"酿"活动集结了CG技术的优势，描绘了非常壮烈的…

泽木是种麴店的继承人，和酿酒屋继承人萤一起上京进入东京农业大学念书，原本看来平凡无奇的设定，却因主角的特异功能在学校展开了意外骚动因为，他竟然可以看见常人肉眼看不见的菌！在看萌菌们说话搞笑之余，可以不知不觉的理解人类和菌的关系，也能了解跟发酵有关的知识，真是一石二鸟