经历了多次战争的人类，将大量科技封印。主人与超能力少女——乙HiME的契约模式，成为了各国保护自己的唯一选择。梦想成为乙HiME的少女西弗露•弗兰在列车上被绑架了。黑夜男子布鲁斯•瓦尔斯与仆人莱娜•尤奈妮亚将少女从恐怖分子手中救下。解救任务的成功，全拜乙HiME的参与所赐。但是，这片刻的和平没有维持多久。恐怖分子组织着下一次绑架行…