钢铁侠遭遇神秘敌人，处置不慎，队友War Machine阵亡钢铁侠一面逃离S.H.I.E.L.D（国土战略防御攻击与后勤保障局，又称神盾局、天盾局）的质询及鹰眼、黑寡妇的追杀，一面寻觅惩罚者(The Punisher)作队友，共同清查事情幕后元凶。钢铁侠能不能打败迄今为止最强敌人——纳米魔呢?

斯塔克公司最新研制的天幕卫星“霍华德”即将升空，它超强的监视功能饱受争议而托尼·斯塔克则饶有兴致地与战争机器詹姆士·罗德穿着各自的铠甲进行连番惊险刺激的较量。就在此时，号称“突击兵”的武装机器人入侵发射场，与钢铁侠和战争机器展开激烈的混战。而指挥部方面，一名自称以西结的神秘白色铠甲人释放出神秘生物细胞，杀害了所有眼前的…