地球所存在的海姆冥界森林威胁解除过后，从过去争斗的漩涡中获得黄金果实而成为“起始之男”的葛叶纮汰 / 假面骑士铠武，与“起始之女”高司舞在遥远的新生星球中共同生活。某天，谜之机械生命体却突然来袭及将舞拐走，以强横的实力令铠武陷入劣势并读取其的记忆，从中得知地球的存在后利用空间转移开始展开侵略。

地球所存在的海姆冥界森林威胁解除过后，从过去争斗的漩涡中获得黄金果实而成为“起始之男”的葛叶纮汰 / 假面骑士铠武，与“起始之女”高司舞在遥远的新生星球中共同生活某天，谜之机械生命体却突然来袭及将舞拐走，以强横的实力令铠武陷入劣势并读取其的记忆，从中得知地球的存在后利用空间转移开始展开侵略。

流星塾”出身的“园田真理”，收到了来自父亲“花形”寄来的不明物品:“FaizGear和其专属机车”为了问明父亲的用意，真理前往位于东京的巨大企业“SmartBrain”拜访父亲。途中遇上到处旅行的“干巧”，因真理放FaizGear的旅行袋和干巧被偷走的旅行袋一样而产生误会。正在争执的时候，两人被突然出现的不明怪物袭击．．．“把Faiz腰带交出来…

20世纪70年代，假面骑士1号和2号联手打败了邪恶组织修卡，但是神秘而邪恶的假面骑士3号突然出现，以压倒性的实力击败了1号、2号，世界的历史就此发生改变。21世纪，原本生活在和平自由年代下的民众，突然委身于修卡团伙的统治之下。曾经正义一方的泊进之介（竹内凉真 饰）则沦为修卡特状课的走狗。修卡丧尽天良，从小污染少年儿童纯洁的心灵。假…