2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，八神太一、石田大和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者（松冈茉优配音）却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失。

片濑高中的新生“阿扁”星野裕（片山福十郎配音）和“笑爷”月本诚（内山昂辉配音）是同出自一个乒乓球道场的朋友。阿扁个性张扬，爱说爱笑，由于对球技信心十足，因此根本不把乒乓球部的同期和前辈放在眼里。与之相对，笑爷内敛冷静，对于取胜这件事似乎根本没有半点强烈的欲望，潜意识中他更希望像机器人一般不被人注意到。为了迎接即将到来的…