被黑暗组织的人灌下毒药，身体变小了的高中生侦探工藤新一，化名为江户川柯南隐藏身份，并一直在暗地里调查黑暗组织的情报知道他真正身份的有阿笠博士以及灰原哀。灰原哀实际上曾是黑暗组织的一员。但由于姐姐被杀，灰原哀想从组织脱离，也喝下毒药，以小学生的形象隐藏身份。铃木集团的新饭店落成，受铃木集团大小姐铃木园子的邀请，柯南、小兰…

故事以爱慕着校园女神「苇月伊织」的平凡高中男生「濑户一贵」为主视角展开——暗恋伊织的一贵总是在脑中进行各种工口妄想，表面上却对伊织很冷淡，在一次契机下两人终于消除误会，彼此的距离逐渐靠近……