一场惊心动魄的大战过后，人间又暂时恢复了平静。霸王丸来到娜可露露的故乡进行修炼，却遇见从遥远美国来到日本的忍者加尔福特。 另一方面，正在为自己巫女使命而困惑的娜可露露，意外的发现了自邪帝尤加处逃走并失去记忆的魔女色。 与此同时，一个神秘的黑衣人阿修罗出现了，他的唯一目标就是色，而轻易击败霸王丸师兄牙神幻十郎的事实更显示了…

该游戏系列的故事发生于18世纪的日本(最初4代时间跨度为1788年到1789年)，“侍”就是武士的一种，狭义上的武士就是侍。当然游戏角色的范围并不局限于此，一些非日本人角色（包括从1788年时并不存在的地方来的角色）和幻想中的怪物也参列其中。每个角色的情节皆不相同，但是他们都围绕一组核心的人物和日本的数个地区。