有一颗陨石落到涩谷后，从陨石中出现了不明宇宙生物异虫，它们变成人类的样子生活在城市中，不断杀害人类。为了消灭这些异虫，人类成立了一个秘密组织杰特，该组织开发出了假面骑士系统。某一天，杰特的实习队员加贺美新，遇到了一名古怪的男子天道总司，他称自己是“行天之道，总司一切的男人”。就在加贺美新以为自己能得到甲斗王变身器的认可…

一颗陨石坠落到地球的海洋中，造成海水蒸发，大片海洋消失。地球的气候因此出现异常，人类的生存环境不断恶化，地球上的树木枯萎，土地都变成了沙漠。更可怕的是，从那颗陨石中冒出了大量的外星生物异虫，它们有着强大的力量，并开始侵略人类的世界，让人类处在恐慌之中。为了对抗外敌的入侵，人类组成杰特这个特殊武力组织，并且花费人力物力开…

神代勇是個平凡的高中生，他在家庭和學校都找不到自我歸屬，不知道自己到底是為了什麼而活為了尋找自己的歸屬(Holly Land)，勇走進了夜晚的下北澤，卻被當地的不良少年冠上「混混杀手」的封號，成為全面追殺的頭號目標。為了向其他人證明自己的存在，勇不得不選擇了暴力，然而使用暴力之後的罪惡感卻讓他內心十分矛盾，不知道這麼做到底對不對。…

本剧场版紧接TV版第27话。在27话良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到Den-Liner的时侯，却发现Den-Liner已经被牙王劫持……众人被逼留在过去，最坏的情况是良太郎失去了成为电王的所有记忆，桃泰诺斯也因此不能附上良太郎的身体。在机缘巧合下，良太郎遇到10岁时…

山田龙（山本裕典饰）是个与周围人格格不入的不良少年，原本憧憬着一个美好高中生活的他，如今差点因成绩太差被劝退，被称为“学校第一笨蛋”的他完全无法融入这所升学名校朱咲高中。然而有一天，他与同班女生白石丽（西内玛利亚饰）意外摔下楼梯，二人竟然因此互换了身体！在优等生白石的身体里，山田尝到了身为女生的滋味，也了解到白石不为人…