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这是工藤新一变成江户川柯南100天前的故事高中生侦探工藤新一(沟端淳平饰)和毛利兰(忽那汐里饰)一起去深山里的圆月村。在那个村子里流传着巨大的伯劳鸟袭击村人，并像贡品一样挂到树上的大鸟传说。村子里将在3天后举行大鸟的灵魂平息祭典。而工藤新一将一步步解开村子内的怪鸟传说之谜。
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以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官的赏识新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。新一和犯人之间即将展开生死搏斗！
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被黑暗组织的人灌下毒药，身体变小了的高中生侦探工藤新一，化名为江户川柯南隐藏身份，并一直在暗地里调查黑暗组织的情报知道他真正身份的有阿笠博士以及灰原哀。灰原哀实际上曾是黑暗组织的一员。但由于姐姐被杀，灰原哀想从组织脱离，也喝下毒药，以小学生的形象隐藏身份。铃木集团的新饭店落成，受铃木集团大小姐铃木园子的邀请，柯南、小兰…
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在青梅竹马毛利兰的鼓动下，工藤新一半推半就地乘上了飞往京都的飞机，去观摩那里正在拍摄古装剧的毛利小五郎的表演飞行途中，名叫一名摄影师毙命于洗手间，引起乘务组的恐慌。于是工藤新一就在1万英尺的高空展开了推理。好不容易来到京都拍摄场地，关于男主角樱庭的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次展开了精彩的推理…
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就读帝丹高中的工藤新一（沟端淳平饰），是拥有过人推理能力的高中生名侦探他的青梅竹马毛利兰（忽那汐里饰），则是曾经荣获冠军的空手道高手。新一与小兰虽然两心相许，但始终没有表白。有一天，当新一醒来之后，发现身处白色的密闭空间，而小兰就在自己身边，两人还被手铐铐在一起。接着新一又看到小兰的父亲——开设侦探事务所的毛利小五郎（…
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在青梅竹马小兰（忽那汐里饰）的鼓动下，工藤新一（溝端淳平饰）半推半就乘上飞往京都的飞机，去观摩正在那里拍摄时代剧的毛利小五郎（陈内孝则饰）的表演飞行途中，名叫大鹰和洋（波冈一喜饰）的摄影师陈尸洗手间，引起乘务组的恐慌工藤新一就在1万英尺的高空展开推理好不容易来到京都摄影所，针对男主角樱庭（中村俊介饰）的谋杀预告传来，不…