特利迦奥特曼与黑暗巨人的战斗结束数年之后，地球再次迎来了和平的年代。现在已经基本见不到怪兽的踪影了，怪兽带来的灾害影响也已经渐渐地淡出了人们的视线。人类已经开辟了火星移居地，并打算组建新的队伍开辟第二个火星移居地。地球上的人类开始了探索宇宙的征程，现在进入了新领域时代。结果，在探索的过程中，宇宙神秘生命体斯非亚突然出现…

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奇怪的声音在天空中回荡，凡是听到的人都会陷入昏迷，然后消失不见。这一现象引起专家小组精英胜利队的注意，于是，昴星队长派人前去调查。只不过没想到的是，在前方等待他们的是一支庞大的外星人大军以及“吉伯斯教授”。吉伯斯教授乘坐漆黑的堡垒飞船“佐尔加乌斯”来到了地球，他是一个企图扭曲宇宙的统治者。奏大为了保护队友变身成了的奥特…

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小学4年级生野上，本身是非常喜欢植物与花的小学女生，但却于某一天给卷入了不良之中的斗争，但在意外中却激发了体内的潜能自此之后，为了保护自己的朋友，野上玛丽莫也会作为「守护之花」，挺身而出

被称为“由光之国”的最强战士赛罗·奥特曼、慈爱的勇者高斯·奥特曼、传说的英雄戴拿·奥特曼，三个性格不同的奥特曼为了地球的危机、为了与海帕杰顿对抗、为解决地球未曾有过的危机而超越时空集结在一起。个性不同的三位奥特战士们和在苦境中已经失去希望的地球人类，用勇气和牵绊抓住希望和未来。