和平年代，继承了假面超人月骑衣钵的少年红渡进入森罗高中，开始了磕磕绊绊的校园生活。某天，一名仓皇落魄的越狱犯闯入高中，此人名叫杉村隆，是一个历经22年岁月未见衰老的奇怪之人。一阵混乱过后，杉村隆被觉醒的传说偶兽带走。从白峰天斗的口中得知，杉村不老的秘密极可能和22年前其亲手策划的劫持女子音乐家的事件有关，而这一切导致了最为…

红渡开始去学校读书，交到了新朋友榊原在围绕逃犯杉村隆展开的战斗中，假面骑士雷登场，与强敌同归于尽这导致了巨型王者假面骑士方舟的复活经过调查后，渡得知这些都和22年前杉村在监狱中发生的某一事件有关。渡回到了过去，遇到了掌握关键的夏树的母亲和自己的父亲音也。然而，当渡完成任务回到现代后，又卷入了出乎意料的新的战斗……