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继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。 -
这两位宛如神衹一般强大的对手于一场壮观的战争中相遇，彼时世界命运正悬于一线。为了找到真正的家园，金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们一道前行的还有一个年轻的孤儿女孩——吉雅，这个女孩与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系。但意想不到的是，他们在前行的航道上与愤怒的哥斯拉狭路相逢，也由此在全球引起了一系列破坏…
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一位退役归来的士兵与刚在战场上痛失长子的一家人结为朋友，相通的经历让他们的感情维系日益增强，士兵成为了这家人的贵客。然而这家人很快发现，士兵的真实身份并不像他所说的那样……
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帝王组织在险峻未知的地心世界执行一项危险任务时找到了巨兽起源的线索。与此同时，人类计划将所有巨兽从地球上抹去的阴谋渐渐浮出水面，而传说中哥斯拉和金刚两个王者的世纪对决也将一触即发。