故事目前分为宇宙篇与地球篇两部分，机动战士高达thunderbolt的故事是在一年战争末期，吉翁军残留的据点宇宙要塞「ABAOAQU」有一条补给必经之路thunderbolt宙域，为了拿到制宙权地球联邦方面几次派出MS部队，但是连狙击MS部队LivingDead师团都没能拿下这片地区，另一方面在地球联邦控制的知名卫星4号摩尔中诞生了以复兴摩尔为目标的摩尔同胞团为…