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2010年,曾经的小学生们已经步入大学,八神太一、石田大和等人步上不同的人生道路(八神太一和石田大和将会成长为22岁),而就在此时,数码宝贝的研究者(松冈茉优配音)却告诉他们:“被选召的孩子们”长大成人后,数码宝贝也将随之消失。
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经历漫长的战争之后便是极速成长的新时代。为准备中忍考试,佐助的女儿宇智波佐良娜,优秀下忍巳月,以及漩涡博人三人,在村子里的练习场进行着各种练习修行。第一次考试是考验智力,二次考试团则是队合作。不断突破难关的博人他们,终于在第三次考试的个人战格斗场在五影的见证下与鹿丸的儿子对阵。