成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

充满神秘气息的古代土地“上津未原”，那是发生在比这个国家的历史还要早的从前的事……不现实的原定、痛彻心肺的感情，在这片不吉利却又美丽的土地上深深的扎根……以统治着上津未原的“桃歌台学园”和上津未原的豪门家族“守东家”的人们为中心展开了一段幻想奇妙的恋爱绘卷。