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小学生木之本樱（丹下樱配音）是一个平凡的女孩，有一个温柔的爸爸木之本藤隆（田中秀幸配音）和一个体贴的好友大道寺知世（岩男润子配音）。一天，在父亲的书房中她发现了一本尘封已久的魔法书，并无意间解除了书上的封印，一只会说话的玩偶可鲁贝洛斯（久川绫配音）出现在了她的面前。小可告诉她，自己是守护这本书的神兽，书中封印着名叫库洛…
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工藤新一，帝丹高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎…
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有一个名为罗德斯的岛，它是位在亚列拉斯特大陆南方的一个大岛屿由大陆要来到这儿，即使坐船也得花上二十多天。由于距离遥远，大陆和岛之间很少往来，唯一的交流，便只有罗德斯岛西北部的自由都市莱丁的商人们，以帆船进行的小额贸易而已。 有些大陆上的居民，称此处为被诅咒之岛。
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在行星布拉姆附近突然出现了一个神秘的人造天体，它吸收了所有的宇宙机器人并制造出了最强的超级机器人军ccc。为了阻止它，赛罗奥特曼与镜子骑士、红莲火焰和詹伯特联手对敌。 -
从前有位光之巨人，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在任务完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象。现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，…
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故事发生在在与伯利亚银河帝国的战斗结束一年后，塞罗奥特曼在本作中与红莲火焰、镜子骑士、詹伯特阻止天体的运转，并结识了新的伙伴詹奈，他们一起踏上了新的战斗旅eee。