第二部的剧情是接再第一部之后发展的，升上小学四年级的一小麻烦魔女们在“最后一次”到魔女世界去的时候，从盛开的花朵中看见了诞生的魔法婴儿因为魔女世界里有一条规定：第一个看到魔法婴儿诞生的魔女就必须当她的母亲照顾她一年。 就因为这个缘故，小麻烦魔女们又回复了魔女见习生的身分，并接受女王陛下的托付，照顾魔法婴儿小花一年。如果…

梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦……

高中二年级的冬天，男主角戎崎裕一住院了。在医院，他遇见了同年的里香。里香虽是美人，却非常任性。裕一无聊的住院生活因为里香的折腾而改变着。有一天，裕一知道了里香隐藏在任性中的真相... 断定自己会死去的少女里香与裕一的医院青春纯爱故事。

故事的主人公是觉得“朋友什么的很麻烦”的小学5年级少女黑鸟千代子，讲述她阴差阳错地召唤了黑魔女秋彼特，然后在秋彼特的指导下，开始了黑魔女修行的故事

《幕末机关说·伊吕波歌》，高桥良辅这位日本动画界的大师级监督最新力作，故事发生在历史动荡的幕末年代，拥有“霸者之首”的人便可以获得天下，而这个被视为“至宝”的“霸者之首”顺理成章地成为人们追逐的目标。作为“永远的刺客”，持有灵刀·月泪刀的秋月耀次郎的宿命就是要封印“霸者之首”。以平息人世间的战乱，故事便在秋月耀次郎的游…

舞台为大阪的高校 - 舞户学园。主角小泉理沙（身高172cm）和大谷敦士（身高156.2cm）是入学以来的恶交。两人的身高差距，加上如搞笑艺人般的吵架吐槽，使他们自然而然地成为学校有名的『ALL阪神·巨人（日本的双人搞笑组合）』。 　　虽然大谷和理沙每次见面都会吵架，但其实两人在音乐和兴趣方面都十分投契，加上两者身高的差异，令他们逐渐在…

过着独居生活的大学生：川越春间在圣诞节的早晨，突然收到一份圣诞姐姐送的礼物还没睡醒的春间迷迷糊糊的收下了那份礼物，可没想到礼物居然是一位少女！春间朦胧的回想起在他小的时候，曾向圣诞老人许过“想要个妹妹”的愿望他虽然相当踌躇，不过依然给那位单纯的不解世事的少女起了“裘可”这个名字，两人开始共同生活

2131年，地球爆发大规模的世界大战，各大主要城市尽成废墟，人们流离失所。讽刺的是，这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地，以此作为幸存者的理想国。 少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗，危急时刻，她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的…

影片的设定图也一同曝光。本片是为纪念《小魔女DoReMi》推出20周年而推出，由原动画版原班人马制作。