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奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。 “回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。 面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦…
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看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤， 缅因猫兽再度开始暴走。 “不能让你诞生在世上…” 从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙—— 西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。 保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除…
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太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。 为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因…
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故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，…
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世界的崩溃开始了。 暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、 用强大的力量进化成了秩序兽。 根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。 在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。 现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。 「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」 加布兽的话给大和带来了活力，…
