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炎炎夏日，为了找到所向披靡的独角仙，大雄痛哭流涕，对哆啦A梦软磨硬泡无奈之下，哆啦A梦和哆啦美拿出时光圈，帮大雄在500年前的新西兰寻找独角仙，谁知却意外抓到了早已灭绝的恐鸟。为了不至于让恐鸟走向灭亡，他们决定将其送往奇迹之岛。
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本篇是2004年继《棋魂》之后推出的剧场版光通过了职业考试，终于和亮一样，成为了职业棋手，某天，光从棋院那里得到了北斗杯的消息，而限制为18岁以下的杰出少年，光兴致勃勃的找亮，邀他一起参加预选赛，并想与亮在预选塞中分出高下．但是亮却告述光，他已经是北斗杯的选手了……
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到北极游玩的大雄，发现了一颗球，当大雄拿起那颗球，天上竟然掉下了机器人的零件，于是大雄把它带回去完成后，却有一个名叫莉露露的女孩称自己是机器人的拥有者但大雄等人却完全没有想到，拥有毁灭性武器的机器人与其主人莉露露的目的居然是要毁灭地因此，本次的冒险开始了!
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哆啦A梦跟大雄用时空洞，抓到了一只很大的灭绝的鸟，它的名字叫做莫亚大雄不忍心将它回到古代后要面临绝灭，于是把它带到专门收容绝灭动物的绝灭之岛这个陌生的岛屿，拥有黄金独角仙所守护的不可思议力量，可以令古代生物得以继续生存至今它同时是一个受未来人监管和研究的生态公园。要到那里就必须要由当地的专业向导安排。然而，在该处研究的…
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在广阔银河系的另一端，有着一个正处于开拓时代的新行星——可亚可亚星一次，可亚可亚星人——罗布鲁的运输船被海盗追击宇宙兔查米开启了运输船的时空漩涡，脱离了海盗但是，运输船的引擎出现故障，运输船被困在错乱的空间里。不可思议的事发生了，罗布鲁运输船的仓库与远在地球的野比大雄的榻榻米地板连接在了一起……但是，同样盯上可亚可亚星…
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达拉克帝国是一个完全只有男人的国家，而美洁尔则是个百分之百的女人国，两边长期以来就互相仇视、战火连连渡海响是一名机械工，在达拉克帝国中属于地位卑微的三等国民阶级，原本潜入「雷号舰」盗取「蛮型机」机械人只是为了面子，不料却碰上美洁尔女人国来袭而被卷入战争中，从此改变了他的命运……
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用任意门到了北极的大雄，无意间发现了机器人的零件，但是因为零件太大，于是就和哆啦A梦将零件拿到镜面世界这个无人的世界里组装。组装完成后，哆啦A梦就将他取名为“山大克罗斯”。 当正在高兴的操控山大克罗斯时，无意间发现他居然着装著毁灭性的导弹…大雄在真实世界无意间与自称是机器人主人的莉露露相会，并且借走了可以进入镜面世界的道…
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大雄和哆啦A梦利用虚构水面模拟器把城市变成为海底世界，正与鱼儿们玩耍的他们，偶然遇见了迷路的人鱼族公主－苏菲娅，据说“人鱼族”是在五千年前从外太空迁移到地球生活他们一行人决定与苏菲娅一起游览海底世界…。 正当他们穿上人鱼套装，愉快地进行海底冒险时，突然遭到巨大海鳝的袭击，而静香也被神秘人捉走了…。哆啦A梦等人从人鱼族的宫…
