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军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨此时主人公萨姆告别相恋的女友米凯拉，要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予萨姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对萨姆的追击，擎天柱为…
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在遥远的宇宙中有一个塞伯特恩星球上有一种金属生命体，他们在近百万年间分化成正义的博派--汽车人和邪恶的狂派--霸天虎。两军进行了几百万年的战争，星球能源耗尽霸天虎追随汽车人来到了地球。飞船坠毁在一座火山中。四百万年后，公元1984年火山爆发，飞船的主计算机——显像1号启动，并按飞机和汽车的形态改造两军。战争在地球上展开。
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距今50多年前，一艘来自赛博坦的飞船坠落月球，由此引发了美苏两国的太空竞赛人类争相登上月球，只为一探飞船残骸中的秘密。时间回到21世纪初，经过几番征战，汽车人终于挫败霸天虎的入侵，继而与人类合作，共同保卫美丽的地球。然而发生在切尔诺贝利的事件却将尘封已久的月球计划重新摆到桌面。为了防止霸天虎找到能量柱为非作歹，擎天柱与战友…
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当年那场惨烈的芝加哥大战，汽车人虽然成功击退了霸天虎的入侵，却也让地球人对他们失去了应有的信任与尊重。由美国中情局组建的“墓风”部队对所有的变形金刚进行无差别的猎杀，一时间汽车人和霸天虎全都在地球不见了踪影。某天，居住在得州的落魄机械发明家凯德·伊格买回来一辆破旧的卡车车头，谁知那竟是处在休眠中的汽车人首领擎天柱。嗅到…
