宇宙中最邪恶的物种都被一条神秘的消息吸引来到一座宁静的星球小镇：圣诞博士和他的朋友们必须要破解出这条信息，因为博士的命运与整个宇宙的命运都握在其中。

该剧以大学校园为背景，讲述了不善言辞的博士老公梁鸿名和市井妻子邹琴之间的隔阂与爱情故事梁鸿名是一个在讲台上才华横溢，却在高校人情网络中备受排挤的“囧”博士，是一个回到家面对柴米油盐世俗攀比的“窘”老公。他在精神境界和柴米油盐的琐碎生活之间挣扎，并与精明市侩的妻子上演一段五味杂陈的婚姻生活。

主要讲述了博士和克拉拉陷入了被异形攻击的事。

随着彼得·卡帕尔蒂成为掌管蓝色盒子的第十二任博士，全新的神秘博士重生了，他开始控制时间机器。博士也必须适应他重生后的新特征和新性格，博士的朋友们也需要时间来适应这位新博士与众不同的风格。神秘的杀手开始在这座都市中秘密行动，一家屠宰场餐馆和一艘被掩埋的宇宙飞船将博士引向一个久违的敌人。在这一季中，博士和他的朋友克莱拉进行…

该剧讲述了一名神奇的名为博士的时间领主与他的搭档在时间、空间中探索、惩恶扬善、拯救文明、帮助弱小的故事。

圣诞 5343 年，一艘坠毁的飞船发来了一封紧急求救的信息。博士赶到后，发现求救信息来自宋江，她要 Doctor 拯救她的丈夫 —— King Hydroflax 。被卷入这场宇宙阴谋的博士发现宋江竟然不认识他，而他极力避免的那一天终于不可挽回地到来了，宋江与博士会有一个 Happy Ending 吗？

该剧将第一次引入“现代超级英雄”的概念，为了向漫画超级英雄致敬博士来到纽约与一名调查记者、一名蒙面超级英雄合作，共同帮助纽约抵御外星人的致命威胁。

在这一季中，博士和克莱拉利用时光机在各个不同空间的探险，他们继续闯荡时空，解决各种问题！博士的宿敌戴沃斯则用计谋将博士、克莱拉和密西带到了斯卡洛星上。博士和戴沃斯正面较量，最终博士识别了戴沃斯的诡计，并击败了他。之后他们来到一个水下基地，在这里，他们又碰到了几个鬼魂以及基地的几名船员，聪明的博士最终击败这些鬼魂，拯救了…

地球上，一辆火车突然遭到外星生物入侵，整个列车都陷入瘫痪。关键时刻，一位神秘女子从天而降，及时阻止了正在跟踪人类猎物的外星猎人！而这位神秘的女人其实就是经过重生忘记了身份的第十三任神秘博士，也是《神秘博士》有史以来第一位女博士！随着英国谢菲尔德的人类受到威胁，博士招募了三个新朋友——性格温和的瑞安、做事一丝不苟的小雅以…

英国政府派007邦德（肖恩·康纳利 饰）前往加勒比海调查一桩情报人员被杀案件，007几经调查，推测死者应该与蟹礁岛上的诺博士（约瑟夫·怀斯曼 饰）有关。诺博士在这个神秘的小岛上正进行着不为人知的阴谋计划，紧锣密鼓的进行一项将要统治世界的科学实验。双方开始了斗智斗勇的战争，诺博士派来了女间谍，企图监测007的一举一动乘机将其制服，…