该剧场版是由原作者镰池和马担当故事原案和构成的完全新作，讲述在学园都市制作的宇宙升降机恩底弥翁完成在即之时，上条当麻和茵蒂克丝与拥有奇迹的歌声的少女鸣护阿丽莎相遇，然而阿丽莎却会引发魔法世界和科学世界之间的战争，故事也由此展开

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称茵蒂克丝的少女还是把上条当麻吓了一条茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法少女以危…

木幡真琴是15岁的魔女，从横滨来到了日本东北地区的青森，开始进行魔女的修练她带著黑猫奇多，住进了远房亲戚阿圭的家，也转学到当地的学校，开始在这座小镇里生活虽然她现在的魔法程度只会坐竹扫帚飞在天上，但是她还是很努力的学习除了拔曼陀罗草做成草药之外，真琴也开始开拓了一小块田地，打算准备要种植蔬菜。

故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力不同，可以分为6级，从无能力（Lv0）到超能力（Lv5）。故事的主人公上条当麻是学园里的一个无能力者，但并非完全没有能力，而是他的能力是能够…

20世纪产业革命的大跃进之后，受到地球资源日益枯竭影响的人类，开始向宇宙寻求新的生存空间为了适应宇宙环境，人类开始了对人体的改造。结果诞生出来的，便是主人公伊兹鲁等拥有“S级遗传基因”的人。脱离培养液后，伊兹鲁一行人被安放在选定的养父母身边，在经过一定时间的抚养之后，通过选拔考试进行筛选，建成了S级遗传基因儿童培养机关——…

在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即之时，上条当麻和茵蒂克丝与拥有“奇迹”的歌声的少女鸣护阿丽莎相遇，然而阿丽莎却会引发魔法世界和科学世界之间的战争，故事也由此展开。

少女若菜憧憬着参加哥哥的婚礼，在参加哥哥婚礼时无意中得知宝石宫殿正在招募“Lady候补生”的消息，她被有着可爱兔子外形的宠物露比带到了宝石皇宫中，并发现那里聚集了被称作“Lady候选人”的伙伴们，于是她便跟着宝石宠物·露比一起去参加选拔，接下来，神奇的故事也慢慢展开了……

某天，宝石之城突然从天而降人类最初想要进入宝石之城，但不知为何找不到大门的所在之处而无法进入。时光流逝，宝石之城对于镇上的人们来说已成为日常，大家都毫不在意地平凡度日。但实际上那是由于宝石乐园的魔法力减弱才落入人间的。魔法力减弱的原因是，人类失去了“相信魔法的心”。为了增强相信魔法的心，身为见习魔法使的宝石宠物们来到人…

「高山春香」与「园田优」都是即将在3年后废校的美里西高中一年级学生喜欢优的春香，对于优很快就和其他同学混熟感到很不是滋味，而想成为优最特别的好友。察觉春香想法的优，提议两人一起进行「绝对不会和其他同学一起做的事情」，而对春香来说，绝对不会和其他同学一起做的特别行动便是「接吻」……

作为「旋风管家」的第四部TV动画，其标题确定为「旋风管家Cuties」，并预定于4月8日深夜在东京电视台开播这次的新作动画每一话都将围绕不同的女主角展开故事，并且也公布了前十话的主角安排，从中还发现粉丝期待已久的天王州雅典娜终于要在动画版中正式登场了！