看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，　　缅因猫兽再度开始暴走。　　“不能让你诞生在世上…”　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。　　保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除…

　　太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因…

　　故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，…

　　世界的崩溃开始了。　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、　　用强大的力量进化成了秩序兽。　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」　　加布兽的话给大和带来了活力，…

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……　　“所以说过去的事情我不知道啦！”　　面对比起…

　　宁静祥和的空座镇迎来金黄色的秋天，黑崎一护（森田成一 配音）和朽木露琪亚（折笠富美子 配音）刚刚处理完虚作乱的事件，镇车站旁便出现成群的欠魂。它们四处游走，任何驱逐方法都失去效力。正当他们一筹莫展之时，持有斩魂刀“弥勒丸”的死神少女茜雫突然出现，并成功驱散欠魂。露琪亚对一连串的事件颇感不安，于是回到尸魂界调查。从护廷…

　　在负责押送尸魂界王族秘宝“王印”的途中，一股神秘力量突然袭来，十番队虽奋力反击，却终究丢掉秘宝，日番谷冬狮郎（朴璐美 配音）也在阵前莫名逃亡。不久，日番谷临阵逃脱的报告传遍尸魂界，黑崎一护（森田成一 配音）从二番队队长碎蜂口中得知始末，之后遇见并救助了体力不支倒地的日番谷，继而得知袭击护送队伍且与日番谷交手的是一个早…

离开部队之后，以利亚凯恩再次回到他的特种部队。由Marcus米切尔招募回美国中央情报局。凯恩的技能是远程狙击，马库斯的承诺，中情局将信息提供给凯恩并为之组建他的小团队。凯恩得到一系列高难度错杀任务，中央情报局的一般特工不能完成。马库斯承诺配合凯恩，引导目标他进入狙杀范围。并将目标的身份透露给凯恩团队。凯恩与其它两个受过训练的…

　　这也是，某个冬日的故事。山梨的女高中生志摩凛，乘着钟爱的机车一路前往滨名湖。从除夕这天开始，久违了的单人露营。从山梨出发前往静冈县磐田。在磐田迎来新年，今天则是第三天。虽然行驶了相当长的距离，但仍然感觉很开心。就在此时，停靠在海边的凛忽然想道「果然，我还是很喜欢单人露营啊」　　另一方面，了解凛这份心情的抚子，也产生…

　　著名的关原之战结束一年后，出云的巫女伊佐那海（佐藤利奈 配音）遭刺客追杀。逃亡至信州境内时，她得到伊贺忍者雾隐才藏（小野大辅 配音）的救助。见识过才藏强大的实力后，那海拜托他保护自己前去寻找上田城真田忍军的领袖真田幸村（森川智之 配音）。雾隐才藏与甲贺忍者的高手猿飞佐助（柿原彻也 配音）不打不相识，最终一同效力于一方霸…