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幻影忍者们在数码世界中遭遇重大危机,赞正面临着失去记忆,再也不能醒来的危险!忍者们为了救回赞,而进入了赞大脑中的数码世界,试图解开忍者之谜,在那里电子黑暗之王正利用忍者们的记忆攻击他们幻影忍者们能否在共同的记忆中找到办法战胜电子黑暗之主,从而拯救赞呢?
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在幻影忍者们齐心协力击退飞天海盗之后,忍者世界恢复到往日的和平忍者们认真地进行日常训练,但大地忍者——寇,似乎有什么心事困扰着他。寇在过去的战役当中,被邪恶的杨大师变成了幽灵,原本他还以为自己已渐渐习惯幽灵形态,但他却惊觉自己有可能随时会消失不见,仿佛不曾存在过一样。就在这个时候,他又听到了杨大师的呼唤,发现杨大师正在…